این در شرایطی است که براساس قانون ساختار نظام جامع رفاه و تامین اجتماعی(مصوب1383) «ساماندهی و مدیریت یارانههای اجتماعی» از وظایف وزارت رفاه و تامین اجتماعی لحاظ شده است. علاوه بر یارانههای اجتماعی«تنظیم بودجه عمومی دولت در قلمرو بیمهیی و حمایتی» نیز جزو اختیارات و مسوولیتهای این وزارتخانه است. بر این اساس دو ابزار مهم سیاستگذاری یعنی بودجهریزی و مدیریت منابع یارانههای اجتماعی به وزارت رفاه و تامین اجتماعی واگذار شده بود تا به عنوان «سیاستگذار» و «سازمان برنامه حوزه اجتماعی» فعالیت کند.
اما وجود سازمان هدفمندسازی یارانهها و قرار گرفتن آن ذیل سازمان برنامه و بودجه عملا موجب شده تا وزارت رفاه دو ابزار مهم سیاستی خود را از دست بدهد و میدان سیاستگذاری اجتماعی، مخدوشتر و ناهماهنگتر و ناکارآمدتر شود و منازعات ساختاری، ارتباطی، اطلاعاتی و منفعتی در این حوزه تشدید شود که خروجی آن چیزی جز ناکارآمدی بیشتر برنامههای رفاهی کشور نبوده است. از این رو انحلال سازمان هدفمندسازی یارانهها و واگذاری وظایف قانونی وزارت رفاه و تامین اجتماعی به وزارتخانه مربوطه یکی از گامهای اولیه در زمینه بازطراحی سازماندهی حوزه رفاه و تامین اجتماعی است.