ابونصر پارسا، شاعر و عارف برجسته قرن نهم هجری قمری، از شخصیتهای طریقه «نقشبندیّه»که رسالهای نیز به زبان فارسی از وی به یادگار مانده است.
آنگونه که در کتاب «جغرافیای تاریخی بلخ»، اثر «الهامه مفتاح» ذکر شده است، خواجه «حفیظ الدین، ابونصر پارسا»، پسر و شاگرد عالم و صوفی بخاری «محمد پارسا» بود و در سال 865 قمری در بلخ درگذشت و مزار خواجه ابونصر پارسا در جوار این مسجد قرار دارد.
این مسجد از مساجد باشکوهی بوده که در سال 1005 قمری، مرمت و بازسازی گردید و کاشیکاری زیبا همراه با مقرنس کاری و نقاشیهایی با بهترین رنگها و نقوش در آن موجود است.
گنبد و دیوارهای اطراف این مسجد که سبک و تزئین آن به سبک معماری دوره تیموریان، همراه با رواقها و حجرهها همه کاشیکاری شده که بر اثر مرور زمان در طبقات فوقانی به دیوارهای آن صدمات جبران ناپذیری وارد شده است.
ابعاد مسجد 8 ضلعی بوده و در مقابل آن پیش طاقی و از قسمت داخلی منارههای بلندی دارد و در اطراف ستونهای پیچیده شکلی به چشم میخورد.
طبق نوشته مفتاح، در کتاب «جغرافیای بلخ»، گنبد مسجد بسیار بزرگ و معماری مسجد بدون شک شاهکار استاد ماهری با سبک خاص خود بوده، و از معماری عصر خود به تنهایی استفاده نکرده است.
معماری گنبد این مسجد نشان از آن دارد، که معمار آن در عین پایبندی به معماری عصر خویش، اشکال و سبک خاصی را نیز به صورت مشترک به کار برده است.
مسجد خواجه ابونصر، در گذشته 2 سالن بزرگ و چندین دروازه و محراب و منبر داشته است که امروزه، گنبد بلند، تزئین خوب و نقاشیها و کتیبههای آن بیننده را به حیرت میاندازد.
چنین به نظر می رسد که مسجد خواجه ابونصر پارسا یا مسجد سبز، بعد از مرگ وی بنا شده است.
تعمیرات این مسجد ابتدا به فرمان «میر فرید ارغوان» در سال 867 هجری قمری، صورت گرفته است و تعمیرات بعدی چنانچه گفته شد در سال 1005 هجری قمری، انجام شده است.