آخوندی همچنین امین مقومی را به عنوان عضو اصلی شورای مرکزی سازمان نظام مهندسی ساختمان کشور انتخاب کرد.
گفتنی است چند روز پیش حامد مظاهریان، معاون وزیر راه و شهرسازی در نامه ای به آخوندی، ضمن ارائه تخلفات 39 صفحهای فرجالله رجبی به وزیر راه و شهرسازی طی درخواستی نوشته بود: «نحوه عملکرد ایشان از طرفی موجب بروز بی نظمی در انجام وظایف مهندسی شده و از طرفی دیگر هم موجب تجری متخلفان و بروز و توسعه تخلفات و فساد در این بخش و سازمانهای استانها میشود.» اما برکناری رییس سازمان نظام مهندسی از سوی آخوندی با واکنش رئیس سازمان نظام مهندسی ساختمان تهران روبرو شد؛ احمد خرم با بیان اینکه آخوندی در وزارت راه به پایان کار رسیده است، گفت: وزارت راه و شهرسازی در بحث جانمایی ۱۲۷ برج روی گسل در تهران به این رسیده که شهرداری تخلف کرده اما فقط به ارائه گزارش محرمانه در دولت اکتفا کرده است.خرم ادامه داد: برداشت من این است که وزارت راه و شهرسازی به این رسیده است که سازمان نظام مهندسی ساختمان یک معاونت وزارت راه باشد.البته آخوندی علاوه بر تعلیق پروانه اشتغال به کار رییس سازمان نظام مهندسی کل کشور، در نامهای به معاون مسکن و ساختمان خود اعلام کرد که مدرک تحصیلی رییس سابق سازمان نظام مهندسی جعلی است و از او خواست که به این موضوع رسیدگی کند. در این میان سید مهدی هاشمی در واکنش به ادعای آخوندی مبنی بر جعلی بودن مدرک تحصیلی اش نوشت: بدیهی است اینگونه ترورهای شخصیت درآستانه انتخابات نظام مهندسی، نشان از میزان تقیدتان به «اخلاق حرفه ای» است.