البته درتبصره 3 موارد زیر از پرداخت این مالیات معاف هستند که این موارد عبارتند از اولین انتقال املاکی که قبل از اجرای این قانون خریداری شده باشند، اولین انتقال ساختمانهای نوساز، که از اخذ پروانه ساخت آن بیش از 5 سال نگذشته باشد، نقل و انتقال واحد مسکونی اصلی هر شخص حقیقی، یکبار در هر دو سال، نقل و انتقال به منظور وقف ملک و همچنین زمانی که قیمت فروش (انتقال دادن) مساوی با کمتر از قیمت خرید (به انتقال گرفتن) باشد.
در تبصره 4 این طرح نقل و انتقال املاک مشمول مالیات این ماده از مالیات نقل و انتقال موضوع ماده (59) معاف است و اولین انتقال ساختمانهای نوساز که پس از اجرای این ماده، پروانه ساخت دریافت کنند، در صورتی که پنج سال از دریافت پروانه ساخت نگذشته باشد، از مالیات نقل و انتقال موضوع ماده (77) هم معاف است. براساس تبصره5، ظرف یک ماه پس از تاریخ لازم الاجراء شدن این قانون سردفتران اسناد رسمی و دفاتر مشاوره معاملات املاک موظفاند در هنگام تنظیم سند انتقال ملک یا حق واگذاری محل یا سند تعهد به انتقال یاحق واگذاری محل (قولنامه)، قیمت مورد معامله را بر اساس توافق طرفین معامله، با دقت و صراحت ثبت نموده و به امضای طرفین برسانند. در تبصره 6 این طرح آمده است که مبنای تعیین قیمت فروش تمامی املاک و خرید املاکی که بعد از اجرای این ماده خریداری شدهاند، قیمت ثبت شده در سند انتقال یا سند تعهد به انتقال (قولنامه) است. قیمت مذکور، در کلیه مراجع قضایی و اداری و در تعیین حق التحریر دفاتر اسناد رسمی، مبنا قرار میگیرد. اما در تبصره 9به این موضوع اشاره شده است که کلیه درآمدهای مالیاتی موضوع این ماده، به منظور تأمین مسکن مهر جوانان و محرومان و پوشش بخشی از نرخ سود تسهیلات خرید خانه اولیها و تسهیلات ودیعه مسکن اجتماعی در اختیار بانک مسکن قرار گیرد و دولت مکلف است اقدام قانونی لازم را در خصوص نحوه تخصیص این درآمد به مصارف مذکور به عمل آورد.