مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز در ابتدای امر پس از ورود به موضوع اختلافی بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان پیرامون ماده ۳ طرح تقویت و توسعه نظام استاندارد، نظر مجلس را مورد تایید قرار داد تا بر این اساس سیاستگذاری، نظارت و هدایت نظام استاندارد در حوزه تجهیزات پزشکی، مواد غذایی و لوازم آرایشی و بهداشتی بر عهده سازمان ملی استاندارد ایران باشد، اما پس از اعتراض صورت گرفته توسط سازمان غذا و دارو مجددا تصمیم بر این است که در این مساله تجدیدنظر شده و نظارت بر حوزه لوازم آرایشی و مواد غذایی به سازمان غذا و دارو محول شود که در نهایت این اتفاق رخ نداد.
بعد از ابلاغ قانون تقویت و توسعه نظام استاندارد توسط ریاستجمهوری به سازمان ملی استاندارد ایران تکلیف سیاستگذاری، نظارت و هدایت نظام استاندارد در حوزه تجهیزات پزشکی، مواد غذایی لوازم و آرایشی و بهداشتی و نیز درمانی مشخص شد. براساس ماده ۳ قانون تقویت و توسعه نظام استاندارد سازمان ملی استاندارد ایران مرجع رسمی حاکمیتی در کشور بوده که عهدهدار سیاستگذاری، حسن نظارت و هدایت نظام استاندارد و اطمینانبخشی به کیفیت کالاها و خدماتی است که در داخل کشور تولید یا ارائه یا به کشور وارد یا از کشور صادر میشود. همچنین رعایت سیاستهای کلی نظام از قبیل سیاستهای کلی سلامت و بند ۲۴ سیاستهای مقاومتی در این خصوص الزامی است. براساس تبصره ۴ ماده ۳ قانون تقویت و توسعه نظام استاندارد خدمات بهداشتی، درمانی و دارویی مشمول حکم این ماده نمیشوند. بنابراین پس از چالش پیش آمده بین سازمان ملی استاندارد ایران و نیز سازمان غذا و دارو در نهایت دولت با ابلاغ این قانون تکلیف سیاستگذاری نظارت و هدایت نظام استاندارد در حوزه تجهیزات پزشکی، مواد غذایی و لوازم آرایشی و بهداشتی را تعیین کرد.
طبق قانون تقویت و توسعه نظام استاندارد که توسط رییسجمهوری به سازمان ملی استاندارد ابلاغ شده است، مقوله سیاستگذاری، نظارت و هدایت نظام استاندارد در حوزه تجهیزات پزشکی، مواد غذایی و لوازم آرایشی و بهداشتی برعهده سازمان ملی استاندارد ایران و نیز موضوع سیاستگذاری نظارت و هدایت نظام استاندارد در حوزه خدمات بهداشتی، درمانی و دارویی بر عهده سازمان غذا و دارو محول شده است.